2003年，原湖北中医学院与原湖北药检高等专科学校合并，成立新的湖北中医学院。湖北药检高等专科学校成立于 1958年12月，它的前身是成立于1939年的湖北省立护士职业学校，是全国仅有的一所以药学、医学检验为主干学科的高等专科学校，在药学及医学检验领域具有一定特色与优势。2010年3月18日，教育部批准湖北中医学院更名为湖北中医药大学。
院系设置截止至2014年，学校设有基础医学部、临床医学院、护理学院、针灸骨伤学院、药学院、医学检验与技术学院、文法系、管理学院、信息工程学院、外语系、体育部、研究生部、海外教育学院、继续教育学院、临床技能实训中心和中医药实验中心等16个教学系（院）部（中心）。
截止至2014年，图书馆现拥有纸质藏书94余万册，中外期刊1千余种，电子文献642件，电子期刊近9000种，有多个网络数据库，内部交换资料3500种，40000余册。截止至2014年，学校主办的《湖北中医杂志》、《湖北中医药大学学报》、《中西医结合肝病杂志》、《中国中医骨伤科学杂志》已在20多个国家和地区公开发行，其中《湖北中医杂志》 、《中西医结合肝病杂志》、 《中国中医骨伤科学杂志》被评为中文核心期刊。
